卫生间是处理污秽之物的地方，所以最好将它设置在六煞、祸害、五鬼、绝命四凶方位上。这样从风水上可以起到以凶压凶、以毒攻毒的效果，化凶为吉。不可将卫生间设置在住宅的财位、文昌位，否则会导致破财之灾，对事业也不好。此外，卫生问尽量不要与卧室、餐厅、厨房、客厅等地房门相冲，这也是不吉利的。
现在很多住宅都在主卧设一个卫生间，看上去很方便。但是从风水上讲，这样是很不好的。一般主卧中卫生间的门都朝着床，这是非常忌讳的布局。此外，由于通风不好，秽气会直接冲到住在里面的人身上，导致浑身疼痛等情况发生。还有潮湿、噪声等问题也会影响人的健康。
首先卫生间的墙面和地面一定要做防水处理，否则会影响以后的使用，还会影响楼下的邻居。其次要注意实用性，特别是卫生间的地面必须考虑清洁和防水，因此在选择材料时要注意选择表面防滑的材料。由于水流是向下的，因此卫生间的地面不能高于客厅或者卧室，否则容易形成住宅被水包围的格局，导致内分泌系统的疾病。卫生间的墙面可以选择明亮安静的色调，再加上明亮的光线，就会让人感觉温暖、宁静、祥和。
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