古人本命观念的蜕变，一再给十二生肖注入生机与活力。在图腾动物崇拜的晚期，不知哪一天，古人忽然对自己生命的由来和命运的奥秘大彻大悟：原来如此！难怪这样！于是，人们将图腾动物崇拜性质的十二生肖，作为本命神灵供奉在庙堂之上，虔诚地顶礼膜拜。这种民间信仰至今犹存。在旧时的北京一带，每年正月初八这一天是“顺星节”，届时人们成群结伙地来到道观，去给“本命星君”烧香磕头，祈求它们保佑自己或家人在一年中平安顺利。“顺星节”的祭拜仪轨，已经成为道教斋醮仪轨的重要内容。
人们对生肖本命神的信仰，导致了有关生肖的巫术。直到今天，那些身值本命年的人，仍会从正月初一开始，扎起红腰带，穿上红背心、红裤衩，或者戴上带有生肖形象的玉佩、桃木雕之类，说是可以辟邪禳灾，开运改运。台湾有一类以巫术为业的人，多为女性，称为红姨，经常用有关生肖的巫术替人们消灾解厄。台湾20世纪50年代的《基隆县志》记载：
愚昧的市民，以为人生病或遇灾，是由于有妖魔鬼怪作祟。红姨先问病人生肖，如子年肖鼠，寅年肖虎，各剪纸作鼠形或虎形，与桃枝或柳枝一起，用纸钱包好，用黄色解厄纸卷起来，藏在病人的床下。再依照红姨指示的方向和地点把它们烧掉，这样疾病和灾难就会消灭了。
这类巫术在各原始民族普遍流行。居住于云南境内的纳西族，用十二生肖占病，通过对十二生肖之灵的祭送来治病。纳西人认为，不同日时生病，是不同生肖的鬼灵作祟的缘故，必须选择相应的时间和方位去祭送。比如羊日生病，是羊鬼来家里找饭吃，祛除方法是给鬼献饭和药；鼠日生病，是鼠鬼作祟，必须到北方驱鬼。纳西人的经典《东巴经;病因卜》还说：东方发白的属兔时分生病，要用一尊面偶到太阳升起的方向去祭送；白天属马时分生病，要到南方去祭送；太阳偏西的属猴时分生病，要到西南方向去祭送。
十二生肖还有一项重要的功能，即用于命运的预测和生活中的择吉。1975年，湖北省云梦县睡虎地十一号秦墓出土了一批竹简，这批竹简中的《日书》甲种《盗者》章，内容是用十二生肖来占卜盗贼。《盗者》写道：
子为鼠，偷盗者尖嘴巴，稀胡须，善于捉弄，手是黑的，脸上也有黑色，瑕疵在耳部。藏在墙内的粪堆杂草中。名字中多用鼠、鼷、孔、午、郢字样。
丑为牛，偷盗者大鼻子，长脖颈，前身阔大，背微驼，瑕疵在眼睛。……名字中多用徐、善、、以、未字样。
寅为虎，偷盗者稀胡须，脸上有黑色。身体不圆满，有大的瑕疵在上臂。藏身在瓦器间，白天闭藏，夜晚于西方开启。名字中多用虎、、、豹、申字样。
据考证，《盗者》下葬于秦始皇三十年(公元前217年)，距今已经2200多年了，其中有关十二生肖的内容，在历史上的系统记载中是最早的。这篇文献是用来捕盗的，说明十二生肖很可能从一开始就与占卜活动有关。而且它的内容非常具体，涉及地支、属相、偷盗者的体貌特征、藏身地点和名字，似乎据以捕盗有十足的把握。
生肖算命术与择吉术贯彻到了生活的各个方面。民间常常根据生肖来推论人的性格和命运，在婚丧嫁娶和合作交友中有许多生肖禁忌，还有本命年凶多吉少、生肖逢冲之年破财等说法，都属于生肖算命术和择吉术的范畴。在这些预测术中，生肖相当于八字算命术中的“日主”，是推断吉凶祸福、选择吉日良辰的依据。
把十二生肖用于算命和择吉，同样是各民族的普遍传统。生活在四川凉山地区的彝族，就把十二兽历与五行结合起来用于占卜吉凶。这部分彝族人认为，人的命运与木、火、土、铁、水五种基本元素关系密切，都处于公母配合成的十种命运之中，即“木公”、“木母”、“火公”、“火母”、“土公”、“土母”、“铁公”、“铁母”、“水公”、“水母”。这十种命运是和谐的阴阳配属，人只有与之和谐统一，才能得到天赋的命运。他们还将十种命运与十二生肖相配，以六十年周期来推算人的命运。这与汉族用阴阳五行、十干十二支、六十甲子来推算命运的做法，实际上并无不同。
纳西族也用十二生肖占卜。他们有一种从远祖一代代传下来的神秘图式，叫作“巴格图”，上面有十二生肖、时间、方位、五行等内容，与汉族标有天干地支的八卦图有相通之处。纳西族居民凡有重要的事情，如人的生老病死、家庭的起房迁居、部落的祭祀等，都要依图推算，以趋吉避凶。
无论作为巫术还是作为算命术、择吉术，生肖文化既有很深的文化渊源，又有浓厚的神秘色彩和迷信色彩。科学与神学相兼，理性与迷信杂糅，生肖文化的复杂之处就在这里
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