生肖产生于远古动物崇拜、图腾崇拜的氛围之中，人们仅是用动物来借代序数符号与地支相配。至于为什么选择这十二种动物，谁先谁后，按照什么样的顺序排列并没有定论。由于生肖是产生于远古的古老文化，而时间的久远又使人们已将排列的初衷丢失了，因此今人的传说故事只是对它的附会，只能依赖于传说和想像。综台历代关于生肖的排列问题，大致有以下解释：
一是民间传说故事中的生肖排列。
汉族民间故事说，当年轩辕黄帝要选十二种动物担任宫廷卫士，猫托老鼠报名，老鼠给忘了，结果猫没有选上，从此与鼠结下冤家。大象也来参赛，被老鼠钻进鼻子，给赶跑了。其余的动物，原本推牛为首，老鼠却窜到牛背上，猪也跟着起哄，于是老鼠排第一，猪排最后。虎和龙不服，被封为山中之王和海中之王，排在鼠和牛的后面。兔子又不服，和龙赛跑，结果排在了龙的前面。狗又不平，一气之下咬了兔子，为此被罚列在倒数第二的位置。蛇、马、羊、猴、鸡也经过一番较量，一一排定了各自的位置，最后形成了鼠、牛、虎、兔、龙、蛇、马、羊、猴、鸡、狗、猪的顺序。传说故事虽不是一种有根据的科学解释，但它却体现了人们希望对十二生月的选择作出解释的愿望。
二是中国古代学者从古代昼夜十二时辰的角度解说地支和肖兽的配属关系。
清代刘献廷《广阳杂记》引李长卿《松霞馆赘言》： 鼠无牙、牛无齿、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无神(瞳)、猴无臀、鸡无肾、犬无肠、猪无筋，十二属各有不全，《草木子》论之当矣。然子何以属鼠也？”其后大意是说：黑天苟地，混沌一片，鼠，时近夜半之际出来活动，将天地间的混沌状态咬出缝隙，“鼠咬天开”，所以子属鼠。天开之后，接着要辟地，”地辟于丑”，牛耕田，该是辟地之物，所以以丑属牛。寅时是人出生之时，有生必有死，置人于死地莫过于猛虎，寅，又有敬畏之义，所以寅属虎。卯时，为日出之象，太阳本应离卦，离卦象火，内中所含阴爻，为太阳即月亮之精玉免，这样，卯便属兔了。辰，三月的卦象，此时正值群龙行雨的时节，辰自然就属了龙。巳，四月的卦象，值此之时·春草茂盛，正是蛇的好日子，如鱼儿得水一般。另外，巳时为上午，这时候蛇正归洞，因此，巳属蛇。午，下午之时，阳气达到极端，阴气正在萌生。马这种动物，驰骋奔跑。四蹄腾空，但又不时踏地。腾空为阳，踏地为阴，马在阴阳之间跃进，所以成了午的属相。羊，午后吃草为最佳时辰，容易上膘，此时为未时，故未属羊。未之后申时，是日近西山猿猴啼的时辰，并且猴子喜欢在此时伸臂跳跃，故而猴配申。酉为月亮出现之时，月亮属水，应着坎卦。坎卦，其上下阴爻，而中间的阳爻代表太阳金乌之精。因此，酉属鸡，夜幕降临，是为成时。狗正是守夜的家畜，也就与之结为成狗。接着亥时到，天地间又浸入混沌一片的状态，如同果实包裹着果核那样，亥时夜里覆盖着世间万物。猪是只知道吃的混混沌沌的生物，故此猪成了亥的属相。宋代著名理学家朱熹持此观点。
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