白细胞与血小板上与有A、B、H、MN、P等红细胞抗原，此外还有它们所特有的抗原，这些抗原具有临床意义，特别是组织相容性抗原对选择器官组织的移植和血液成分的输注的合适供应者(donor)有重要意义。白细胞与血小板的抗原可使受者（recipient）产生免疫反应，这时，输血可引起发热反应，移植的器官组织受破坏的速度加快，在体内的生存期缩短。
人白细胞抗原是人类白细胞上最强的同种抗原。ＨＬＡ系统由数量众多的抗原所组成，是一个极为复杂的抗原系统，控制这些抗原的基因位于第６号染色体的短臂上，在这一部位的染色体上分布着A、B、C、D４个基因位点，它们控制着７组HLＡ抗原即：HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-D、HLA-DR、HLA-DQ和HLA-DP，每一组又包括许多种抗原。例如HLA-A组有20多种抗原，HLA-B组有50种以上不同的抗原，HLA-C组则有11种抗原。根据抗原发现的顺序，又对抗原作编号，如HLA-A1、A2……A19等。它们的数量随着新抗原的认定还在继续扩大。
HLA是镶嵌在细胞膜上的糖蛋白，根据HLA的结构和分布特征，将它们分成两类：即I类和Ⅱ类抗原，HLA-A、B、C属I类抗原，分子量为56000，由一条重肽链和一条轻肽链所组成，它们的抗原特异性是由重肽链上氨基酸列所决定的。这类抗原总称为I类抗原；它们除了分布在白细胞和血小板上，还广泛分布在各种正常组织器官和肿瘤组织的有核细胞膜上。其余的HLA抗原即D、DR、DP和DQ属于Ⅱ类抗原，分子量为63000，它们只分布在B细胞、巨噬细胞、单核细胞和内皮细胞上。
HLA系统除了在医学上与器官移植、植皮、骨髓移植和输轿有密切的关系外，还可应用于亲子鉴定和人类学研究。在应用于亲子鉴定时，由于HLA的数目极多，HLa–A和HLA-B相结合的形式极多，要有相同表现型的机会极少。例如，15个HLA-A和20个HLA-B能够产生20246种表现型。因此，在作亲子关系的否定判定时，HLA测定可过到90%以上的可靠性。各种HLA出现的频率具有明显的种族差异。例如，高加索人种中，HLA-A-A30和B42抗原的出现频率较其它人种为少，而在北美印地安人种，HLA-B51抗原出现频率较高。因此，HLA系统是人类学研究的一个重要指标。 ()
血小板还有一些特有的抗原，如PI、Zw、Ko等系统，它们与红细胞或白细胞上的同种抗原没有关系。这些抗原可因输血和妊娠而产生免疫抗体。约有50%的病人在长期重复输注血小板后，在血清中可出现抗输入血小板的抗体。它们可引起发热反应，使输入的细胞缩短生存期，还以掩盖抗红细胞的特异抗体的存在，因而影响血型测定的正确性。当妊娠母亲血清中出现抗血小板抗体时，可导致新生儿血小板减少症。
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